Kien fl-1482 meta l-Papa Franġiskan Sistu IV, li l-istess Papa ftit tas-snin qabel kien daħħal il-Festa ta’ San Ġużepp tad-19 ta’ Marzu fil-Kalendarju Liturġiku tal-Knisja Kattolika Rumana, ta l-permess meħtieġ biex timbena din il-knisja u l-kunvent tal-Patrijiet Franġiskani Minuri f’Malta. Iżda dan ma seħħx minħabba diversi diffikultajiet.
Fl-1492, il-Ġurat ta’ l-Imdina, Giacomo Hakim, ħalla ġidu kollu biex dawn il-Patrijiet ikunu jistgħu jibnu l-knisja u l-kunvent tagħhom. Huwa kien ħalla bħala esekuturi tat-testment tiegħu lill-Ġurati ta’ l-Imdina u lil ħuh Patri Marjan Hakim, li kien Patri fi ħdan l-istess Ordni Franġiskan tal-Patrijiet Minuri f’Messina, fi Sqallija.
Sentejn wara fl-1494, il-Papa Alessandru VI reġa’ ta’ l-permess meħtieġ għal bini ta’ din il-knisja u l-kunvent. Fil-fatt ix-xogħol beda fl-1497 u tlesta fl-1500. F’dan iż-żmien il-knisja ġiet mibnija fuq stil Gotiku u kellha s-saqaf tagħha ta’ l-injam. Ġiet iddedikata lill-Visitazzjoni tal-Madonna lil Santa Eliżabetta, bl-isem ta’: “Santa Marija ta’ Ġesu”, kif hija msejha din il-knisja u kif propju juri l-kwadru titulari ta’ din il-knisja.
Kienet drawwa fi ħdan l-Ordni Franġiskan f’dawk iż-żminijiet b’mod partikulari fi Sqallija li l-knejjes ta’ dawn il-Patrijiet jiġu ddedikati lil Madonna taħt dan it-titlu tal-Visitazzjoni. Fill-fatt din hija devozzjoni antika ħafna fi ħdan l-Ordni Franġiskan u kienu dawn il-Patrijiet Franġiskani li bdew jjiċċelebraw għall-ewwel darba din il-Festa tal-Visitazzjoni sa mill-1263.
Hekk kif din il-knisja ġiet mibnija u miftuħa għall-kult pubbliku, insibuha li ġiet imżejna b’opri ta’ arti ta’ preġju kbir. Hekk insemmu l-istatwa tal-Madonna bil-Bambin, li attwalment narawha f’niċċa taħt il-kwadru titulari fuq l-artal tal-Kor ta’ din il-knisja. Din hija xogħol fin ħafna maħduma fl-irħam ġewwa Sqallija fl-1504 mill-iskultur magħruf Antonello Gaġini. Ta’ dan l-artist f’din il-knisja wkoll insibu l-istatwa ta’ l-irħam ta’ Santa Marija Maddalena.
Fl-1517 sar it-trittiku għal fuq l-artal maġġur, xogħol ta’ l-artist magħruf Antonello Resaliba minn Messina, li żewġ pannewijiet minn dan it-trittiku għadna narawhom sal-lum taħt iż-żewġ arkati tal-kappelluni mal-pilastri fuq kull naħa ta’ l-artal maġġur.
Benefattur kbir ta’ din il-knisja u tal-kunvent ta’ dawn il-Patrijiet kien l-ewwel Gran Mastru ta’ Malta, Fra Philippe Villiers de L’Isle Adam (1530-1534), li għen ħafna fit-tibdil strutturali li kien hemm bżonn isir kemm fil-knisja kif ukoll ta’ l-kunvent. Dan l-istess Gran Mastru qatta l-aħħar żmien ta’ ħajtu f’dan il-kunvent, fejn miet f’dan l-istess kunvent nhar il-21 t’Awwissu 1534. Ta’ min jgħid li l-kamra fejn miet dan il-Gran Mastru għadha teżisti f’dan il-kunvent. Kif ukoll fuq xewqa tiegħu stess qalbu u l-interni tiegħu jinsabu midfuna f’din il-knisja wara l-istemma tiegħu minquxa fil-ġebel; fejn taħt din l-istemma naraw skrizzjoni li tfakkar il-mewt tiegħu f’dan il-kunvent u x-xewqa tiegħu li l-partijiet interni ta’ ġismu jiġu midfuna f’din il-knisja. Din l-iskrizzjoni kienet ġiet magħmula minn Johannes Quintinus Haeduus, li kien ħabib u kollaboratur ta’ dan il-Gran Mastru. Din tinsab taħt l-arkata bejn il-kappella ta’ San Ġużepp u l-kappella ta’ Sant’ Antnin.
F’din il-knisja jinsabu midfuna wkoll l-intern ta’ żewġ Gran Mastri oħra: dak tal-Gran Mastru Claude de la Sengle (1553-1557) u dak tal-Gran Mastru Alof de Wignacourt (1601-1622). Dawn jinsabu midfuna separatament wara żewġ irħamiet bl-istemmi ta’ dawn iż-żewġ Gran Mastri.
Bit-terrimot ta’ l-1693, din il-knisja soffriet ħsarat kbar, tant li kellha tiġi mibnija mill-ġdid kif nafuha l-lum fuq stil barokk taħt id-direzzjoni tal-Perit Fillippo Pace u tlestiet fis-sena 1752. Ġiet ikkonsagrata solennament mill-Isqof Mons. Vincenzo Labini fil-31 t’ Ottubru 1790.
Il-kwadru titulari ta’ din il-knisja li juri il-Visitazzjoni tal-Madonna lil Santa Eliżabetta, sar fl-1855 mill-Pittur Giuseppe Hyzler. Fuq dan il-kwadru fl-apside naraw it-Trinita’ Qaddisa xogħol tal-Pittur magħruf Antoine de Favray. Filwaqt li ma ġemb il-kwadru titulari naraw żewġ kwadri oħra, li juru episodji mill-ħajja ta’ San Franġisk t’Assisi xogħol tal-Pittur Francesco Zahra. Il-pittura li naraw fis-saqaf tal-Kor huwa xogħol tal-Pittur Taljan Conti u saret fil-bidu tas-snin ħamsin. Filwaqt li l-kumplament tal-pittura li naraw fis-saqaf tal-korsija, hija xogħol tal-pittur Għawdxi l-Kav. Pawlu Camilleri Cauchi u sar fil-bidu tas-snin sebgħin. Il-pittura li naraw f’dan is-saqaf f’din il-knisja, turi l-Qaddisin Protetturi ta’ l-Ordni Franġiskana. Il-Kappella ta’ San Guzepp
Din il-kappella ġiet mibnija sa mit-twaqqif ta’ din il-knisja u ġiet iddedikata mill-ewwel lil San Ġużepp. Fl-1669 din il-kappella ġiet irranġata billi saret il-prospettiva ta’ l-artal fuq stil barokk kif għadna naraw sal-lum. Din kienet ġiet iddisinjata mill-magħruf skultur Lorenzo Gafa’.
Il-kwadru titulari ta’ din il-kappella jirrapreżenta lil San Ġużepp Patrun tal-Knisja Universali. Dan sar fl-1874 mill-pittur Ruman Pietro Gagliardi.
L-Oratorju ta’ l-Arċikonfraternita ta’ San Ġużepp, iddedikat lill-Qaddis Patrun li ġġib l-isem tiegħu. Attwalment Santwarju Nazzjonali ta’ San Ġużepp Inkurunat, beda jimbena fl-1665 u tlesta fl-1685. Dan l-Oratorju ġie mibni fuq biċċa art li l-Patrijiet Franġiskani kienu offrew lill-Fratelli ta’ l-imsemmija Arċikonfraternita, biex ikunu jista’ jimbena dan l-Oratorju. Dan ġie mkabbar kif jidher il-lum bejn 1804 u l-1840.Fuq l-artal ewlieni ta’ dan l-Oratorju, tinsab meqjuma b’għożża kbira l-istatwa antika u tant devota ta’ San Ġużepp. Inkurunat solennament b’żewġ kuruni tad-deheb u l-ħaġar prezzjuż fl-1 ta’ Mejju 1963, mill-Arċisqof ta’ Malta, Mons. Mikel Gonzi fuq il-Fosos tal-Floriana; b’digriet maħruġ personalment minn idejn il-Papa Piju XII fl-1956. Din hija waħda mill-ftit xbiehat ta’ San Ġużepp Inkurunati li hawn fid-dinja b’digriet maħruġ mill-Papa. Huwa unur għalina l-Maltin li propju mill-ftit xbiehat ta’ San Ġużepp li hawn Inkurunati fid-dinja, waħda minnhom tinsab ġewwa pajjiżna propju hawn fir-Rabat ta’ l-Imdina fis-Santwarju ta San Ġużepp fil-knisja ta’ Santa Marija ta’ Ġesu.
F’dan is-Santwarju, insibu wkoll ikkonservati numru ta’ statwi proċessjonali tal-Passjoni ta’ Sidna Ġesu’ Kristu, li joħroġu ta’ kull sena proċessjonalment f’Jum il-Ġimgħa l-Kbira fit-toroq prinċipali tar-Rabat. Din il-purċissjoni tiġi organiżżata wkoll minn din l-Arċikonfraternita ta’ San Ġużepp, u hija meqjusa bħala l-ewwel purċissjoni tal-Ġimgħa l-Kbira f’dawn il-gżejjer.
Dekorazzjonijiet fil-Knisja
Il-gandlieri u s-salib ta’ l-artal maġġur saru fl-1900. Dawn saru fuq disinn speċjali ta’ l-imgħallem Giuseppe Spiteri u inħadmu l-Italja fejn ġew arġentati. L-Appostli u l-Evanġelisti li naraw fuq il-prima ta’ l-artal maġġur bejn il-gandlieri, saru bejn l-1880 u l-1898. L-erba’ vażuni tal-fidda bil-fjuretti tal-granutell li naraw fis-sekonda fuq l-istess artal maġġur bejn il-gandlieri saru fl-1925, fuq id-disinn ta’ Dun Karm Busutill. Il-ventaltar tal-fidda sar fl-1906 u ġie maħdum mill-magħrufa Ditta “Gezzi” ta’ Milan-Italja, fuq id-disinn ta’ l-iskultur magħruf Abram Gatt. Il-lampier tal-fidda ġie maħdum ukoll mid-Ditta “Gezzi” fuq id-disinn ta’ l-imgħallem Angelo Muscat mir-Rabat fl-1934.
Il-linef Venezjani li huma maħduma fil-murano-opri raffigurati permezz ta’ l-anġli li naraw ma’ dawn il-linef saru mill-istatwarju magħruf Karlu Darmanin fl-1901.
Is-sitt statwetti li naraw armati fuq il-prima ta’ l-artal tal-kappella ta’ San Ġużepp bejn il-gandlieri, huma xogħol ta’ Karlu Darmanin u saru fl-1897. Dawn jirrapreżentaw lil Madonna bil-Bambin, San Ġużepp, Sant’Anna, San Ġwakkin, San Żakkarija u Santa Eliżabetta.
Fuq l-artalijiet tal-kappelluni l-oħra tal-knisja, insibu 40 statwa jirrappreżentaw lill-Patrijarki u l-Profeti ta’ l-Antik Testment. Dawn saru fl-1912 u huma xogħol ta’ Karmenu Mallia, li kien alliev tal-magħruf Karlu Darmanin, minn Ħal Qormi kien magħruf bħala ‘il-Lhudi’. Dawn l-istatwi ġew indurati mill-imgħallem Tommaso Bugejja u artistikament sgraffiti minn ħuh is-Saċerdot Dun Salvatore Bugejja u mill-induratur Gużeppi Farrugia, li kienu kollha Fratelli ta’ l-Arċikonfraternita ta’ San Ġużepp tar-Rabat ta’ l-Imdina. Dan ix-xogħol sar kollu ‘gratis’ minn dawn il-persuni.
Il-gandlieri ta’ dawn l-artali ġew maħduma artistikament fl-injam u indurati fl-1855. Il-ventartalijiet tal-artali li huma rrakmati bil-ħajt tad-deheb fin bil-kwarniċi tal-injam indurati bid-deheb saru fl-1887.
L-Ostensorju fejn hemm ir-relikwija ta’ San Ġużepp li narawh fuq l-artal maġġur, huwa tal-fidda indurat bid-deheb u imżejjen bil-ħaġar prezzjuż. Dan sar fl-1851 u ġie irregalat lill-Arċikonfraternita, mill-Mons. Kan. Kapitulari Dun Salvatore Lanzon li kien Vigarju Ġenerali tad-Djoċesi ta’ Malta kif ukoll membru fi ħdan l-imsemmija Arċikonfraternita ta’ San Ġużepp u benefattur tagħha.
Id-damask tal-palma li narawh jiddekora lil din il-knsija f’dawn il-jiem tal-Festa, sar f’Lyone fi Franza bejn l-1863 u l-1904. Is-sopraporta artistika fuq il-bieb il-kbir saret fl-1882 mill-imgħallem Rabti Francesco Spiteri.
L-armar kollu li bih hija armata din il-knisja f’din il-Festa huwa kollu propjeta ta’ l-Arċikonfratenita ta’ San Ġużepp.